Autres obédiences régulières

La règle qui fixe en principe à une seule obédience par pays ou État le nombre des obédiences pouvant appartenir au groupe principal a pour conséquence l'existence dans certains pays
d'obédiences qui, tout en respectant les mêmes landmarks que les obédiences du
groupe principal, ne sont pas reconnues par lui.
Le cas des obédiences noires américaines (dites de Prince Hall) est à cet égard exemplaire. Elles ne pouvaient évidemment pas être reconnues par le groupe principal à l'époque où
les États-Unis pratiquaient la ségrégation raciale et leur reconnaissance progressive depuis le début des années 1990 par les Grandes Loges blanches américaines (dites caucasiennes) n'est pas sans poser un problème au regard de la règle d'exclusivité territoriale.
D'autres cas souvent mentionnés existent en France où coexistent plusieurs obédiences qui respectent les mêmes critères de régularité que les obédiences du groupe principal (plusieurs d'entre elles étant issues de scissions de l'obédience reconnue par le groupe principal), mais
qui ne peuvent pas être reconnues par lui du fait de la règle d'exclusivité territoriale, ou à cause d'autres différends avec l'obédience reconnue par le groupe principal.
Il peut enfin exister des obédiences qui pratiquent tous les critères de régularité, mais qui ne souhaitent pas appartenir au groupe principal, par exemple parce qu'elles refusent de reconnaître les obédiences de ce groupe qui pratiquent la ségrégation raciale (aux États-Unis) ou religieuse
(en Scandinavie). En Europe, onze de ces obédiences se reconnaissent entre elles au sein d'un groupe international d'obédiences dénommé Confédération des grandes loges unies d'Europe.

Autres obédiences traditionnelles

On trouve aussi à travers le monde un certain nombre d'obédiences que l'on peut qualifier
de traditionnelles mais non régulières. C'est en particulier le cas de toutes celles qui respectent tous les landmarks et critères de régularité, à l'exception de l'ancienne règle d'interdiction de la mixité, qu'elles considèrent comme une forme de ségrégation et qu'elle jugent dépassée.

Obédiences libérales

On classe en général sous le nom d'obédiences « libérales » les obédiences qui ne se considèrent pas comme liées par les anciennes règles ou landmarks. C'est le cas en particulier de celles qui
prônent une « absolue liberté de conscience ».
Globalement, il s'agit des obédiences ne ressortissant pas à la GLUA ou à une maçonnerie qui imposerait la croyance en un être supérieur dépourvu de la liberté d'interprétation qui s'y attache en qualité de symbole; il convient de noter que depuis 1989 la GLUA n'impose plus la croyance en un Dieu révélé (proche de celui auquel se réfère l'Église).
Un assez grand nombre de ces obédiences se reconnaissent entre elles au sein d'un groupe international d'obédiences dénommé CLIPSAS.

Loges indépendantes, « sauvages » ,« indépendantes » ou "clandestines"

Il existe enfin un peu partout à travers le monde des loges qui ne souhaitent pas se fédérer au sein d'une obédience et qui conservent jalousement leur indépendance. Certaines d'entre elles sont anciennes et traditionnelles, d'autres peuvent être tout à fait récentes et avoir des pratiques si peu communes que les autres obédiences ne les considèrent plus comme étant maçonniques, ni dans le sens « régulier » du terme, ni même dans son acception « libérale ».
Il convient toutefois de distinguer une loge dite "sauvage" en ce qu'elle n'est reconnue par aucune obédience ou puissance maçonnique, d'une loge dite "indépendante" car reconnue par au moins une obédience ou puissance maçonnique tout en ne lui appartenant pas stricto sensu.
Souvent dans un pays, une future obédience s'implante en créant d'abord une loge dite "pionnière" lui appartenant si elle est déjà internationale (GLUA / DH), ou une loge dite indépendante" (et donc pas sauvage) si l'obédience qui la soutient n'a qu'une vocation nationale", ce qui ne l'empêche pas d'apporter ce soutien à un "projet maçonnique constituant un apport au paysage maçonnique" de tel pays.
Une loge peut aussi être isolée, non soutenue, et clandestine, à savoir choisir de travailler dans la plus absolue discrétion, pour des raisons notamment de sécurité (pays où la liberté d'association est refusée - dictature).